La PFN funciona independientemente del patrón del ciclo menstrual de la mujer. Se puede usar en ciclos largos, cortos, al interrumpir la anticoncepción hormonal, así como durante la lactancia y la pre-menopausia. Si bien, el método del Calendario o del Ritmo requería ciclos regulares debido a que se basaba en el historial de los ciclos menstruales de la mujer, los métodos modernos de PFN se basan en observaciones diarias y las decisiones de fertilidad son basadas en estas mismas observaciones.